Os usuários podem salvar suas alterações diretamente no EXE?

Não, os usuários não podem salvar alterações diretamente no arquivo .exe compilado. Modificar um arquivo executável após a compilação pode corrompê-lo e, com frequência, provoca falsos positivos em softwares antivírus.

Por esse motivo, o XLS Padlock foi projetado para salvar os dados do usuário em arquivos de salvamento criptografados separados (com extensões .xlsc ou .xlsce), e não de volta no EXE da aplicação principal.

Considere o seu EXE compilado como a própria aplicação (como o Excel.exe), e os arquivos de salvamento como os documentos com os quais ela trabalha.